حضرت آیت الله خامنه ای در بخش دیگری از خطبه های نماز عید سعید فطر مسئله سیل پاکستان را فوری ترین مسئله جهان اسلام خواندند و با اشاره به ابعاد بسیار سنگین و مصیبت بار این سیل ویرانگر، از درد و رنج ملت مسلمان پاکستان ابراز تألم و رنج کردند و آحاد مسلمانان جهان را به یاری ملت مؤمن و مصیبت زده پاکستان فراخواندند. رهبر انقلاب اسلامی، کمکهای مردم و دولت ایران را به سیل زدگان پاکستانی ناکافی خواندند و افزودند: ملت و دولت ایران، دیگر ملتها و دولتهای اسلامی، مجامع اسلامی از جمله سازمان کنفرانس اسلامی و آحاد مسلمانان در هر نقطه جهان با همه توان به کمک ملت و دولت پاکستان بشتابند و نیازهای مختلف آسیب دیدگان از سیل پاکستان را تأمین کنند. ایشان همچنین با ابراز نگرانی از تلاش برخی قدرتهای متجاوز و بعضی فرصت طلبان برای ایجاد بی ثباتی سیاسی در پاکستان خاطرنشان کردند: بعضی درصددند پاکستان را به پادگان نظامی خود تبدیل کنند که امیدواریم دولت و ملت پاکستان با عمل به وظایف خود به بهترین وجهی از این وضع دشوار خارج شوند.